Berdasarkan rumusan visi yang menitikberatkan pada cita-cita pencapaian standar mutu Akreditasi Institusi, maka dirumuskan misi sebagai media pencapaian visi yakni:

1. Perbaikan tata kelola kelembagaan  melalui peningkatan SDM yang profesional akuntabel dan transparan;
2. Mengembangkan penelitian-penelitian  unggulan dan meningkatkan kiprah IAIN Sultan Amai Gorontalo dalam hal penelitian, pengabdian kepada masyarakat dan publikasi bertaraf Regional, Nasional dan internasional;
3. Menumbuhkembangkan peran masyarakat  melalui  kegiatan penelitian & pengabdian untuk meningkatkan kesejahteraan dan responsif gender;
4. Peningkatan jejaring dengan lembaga terkait baik internal maupun eksternal dalam pelaksanaan program Penelitian & pengabdian pada Masyarakat;
5. Pencitraan yang baik  mengenai  Lembaga  Penelitian  & Pengabdian kepada Masyarakat melalui publikasi dan Public Relation.